Os Medicamentos constituem o Core Business da EMPROFAC. Este segmento é regulado pelo Decreto Lei nº59/2006 que regula a autorização da introdução no mercado (AIM), o registo, fabrico, a importação, a comercialização, donativos e a publicidade de medicamentos de uso humano.
A EMPROFAC disponibiliza um portfólio de medicamentos constantes na Lista Nacional de Medicamentos, exclusivamente para Farmácias, Hospitais e Clínicas de Cabo Verde.